1、蛋白鉴定
通过质谱分析得到二级谱图,质谱二级谱图经蛋白理论数据搜库后,得到有效谱,并通过图谱分析进行肽段,进一步鉴定蛋白。
2、差异蛋白表达分析
通过比较组,对所鉴定到的蛋白进行差异表达分析当p-value<0.05时,以差异表达量变化超过1.3作为显著上调的变化阈值,小于1/1.3作为显著下调的变化阈值。
3、蛋白注释
为了透彻了解数据中鉴定到和定量到的蛋白质,我们对这些蛋白的功能、特征等,从基因本论(Gene Ontology,以下简称GO)、蛋白结构域(Protein domain)、KEGG通路、COG功能分类以及亚细胞结构定位等方面进行了详细的注释。
4、差异表达蛋白功能富集分析
对于鉴定到的全体蛋白的注释以及差异表达蛋白的筛选,我们各比较组中差异表达蛋白分别进行了GO分类、KEGG通路和蛋白结构域三个层面的富集分析,目的是发现差异表达蛋白是否在某些功能类型有显著性的富集趋势。
5、蛋白互作网络图
将不同比较组中筛选得到的差异蛋白数据库编号或蛋白序列,通过与STRING(v.10.5)蛋白网络互作数据库比对后,按照confidence score >0.7 (high confidence)提取得到差异蛋白互作关系。然后通过R package “networkD3”工具对差异蛋白互作网络进行可视化展示。